Molekulargenetik

Der Bereich wird betreut von

Dr. hum. biol. Annika Dufour

Dr. Maja Rothenberg-Thurley

 

Betreuung von ärztlicher Seite              

Prof. Dr. med Karsten Spiekermann       

PD. Dr. med Klaus Metzeler

 

Molekulargenetische Analysen sind heute ein unverzichtbarer Bestandteil in der Diagnostik, Risikostratifizierung und Therapieentscheidung hämatologischer Neoplasien.

Im Krankheitsverlauf ermöglicht die molekulare Quantifizierung von minimaler/messbarer Resterkrankung (MRD) ein sensitives und spezifisches Monitoring und somit eine hochpräzise Therapiesteuerung.


Unser Methodenspektrum   


        • Qualitative und quantitative PCR

        • Fragmentanalyse und Schmelzkurvenanalysen

        • Klassische Sanger Sequenzierung

        • NGS basierte Genepanel Analyse (Zielregion)

 NGS1


Unser Leistungsspektrum


Akute myeloische Leukämie (AML)

  • Bestimmung des FLT3 (ITD und TKD) Mutationsstatus innerhalb von 48 Stunden

  • Bestimmung aller weiteren klinisch relevanten Marker mittels NGS basiertem Genepanel (WHO, ELN)

  • CEBPA Screening mittels Sanger Sequenzierung (WHO, ELN)

  • Screening auf KMT2A-partielle Tandem Duplikationen (PTD) (MRC)

  • Quantifizierung von Fusionsgenen und Expression des aberranten NPM1 Gens (Typ A, B, D)

Myelodysplastisches Syndrom (MDS)

  • Bestimmung aller klinisch relevanten Marker mittels NGS basiertem Genepanel (WHO)

Myeloproliferative Neoplasie (MPN/CML)

  • Stufendiagnostik: Bestimmung von BCR-ABL1 (CML)

  • Bestimmung aller weiteren klinisch relevanten Marker mittels NGS basiertem Genepanel  (u.a. JAK2, CALR und MPL)

  • Bei chronisch myeloische Leukämie (CML): MRD Diagnostik nach EUTOS (Cross et al., Leukemia 2012 , Cross et al., Leukemia 2015)

MPN/MDS Overlap-Erkrankungen

  • Stufendiagnostik: Bestimmung von BCR-ABL1 (CML)

  • Bestimmung aller weiteren klinisch relevanten Marker mittels NGS basiertem Genepanel

Akute lymphatische Leukämie (ALL)

  • Bestimmung von BCR-ABL1

 


Weiterführende Information


NGS basierte Genepanel Analyse

Die NGS basierte Genepanel Analyse führen wir bei myeloischen Neoplasien durch.

Mit der Genepanel Analyse identifizieren wir zielgerichtet rekurrente molekulare Alterationen in bekannten Zielgenen. Die NGS basierte Technik erlaubt uns die parallele Analyse mehrere Zielgene. Dementsprechend analysieren und berichten wir Ihnen alle klinisch relevanten Marker gemäß den Vorgaben nach WHO, ELN oder MRC etc., aber auch Varianten darüber hinaus; wie z.B. Mutationen in dem Gen IDH1.

Zielregionen: Genaue Angaben zu den genomischen Regionen aller mit unserem Panel analysierten Genabschnitte können wir Ihnen auf Nachfrage hin zur Verfügung stellen.

Sequenzierung: Ausgangsmaterial ist genomische DNA. Es folgt die Amplifizierung der Zielregionen (kodierender Bereich und konservierte Spleißregionen) mittels einer Amplikon-basierter Technik (Haloplex, Agilent Technologies) und anschließender Sequenzierung auf dem MiSeq Personal Sequencer (Illumina).

Auswertung: durch eine in-house Analyse auf der Biomedical Genomics Workbench (Version 5.0.1, Qiagen), Referenzgenom NCBI GRCh37 (hg19), Datenbanken: COSMIC, ExAC, dbSNP, ClinVar, in-silico Algorithmen, Variantenbeschreibung erfolgt nach HGVS Nomenklatur (Dunnen et al. Hum. Mutat. 25: 37: 564-569, 2016).

Qualitätskriterien: Es werden 98% der Zielregion mit ≥250-facher Lesetiefe abgedeckt (Jennings et al. 2017, JMD: PMID: 28341590). Berichtet werden Varianten mit einer Allelfrequenz ≥5% und bekannte Hotspot Varianten ≥3%. Die Analyse auf CEBPA Varianten erfolgt zusätzlich mittels Sanger Sequenzierung.

 

Variantenklassifikation in der Genepanel Analyse

Erfolgt gemäß https://jmd.amjpathol.org/article/S1525-1578(16)30223-9/pdf

Klasse 1: Varianten mit starker klinischer (therapeutisch, prognostisch und diagnostisch) Signifikanz.

Klasse 2: Varianten mit wahrscheinlich klinischer Signifikanz.

Klasse 3: Varianten mit unklarer klinischer Signifikanz.

Klasse 4: Benigne oder wahrscheinlich benigne Varianten werden NICHT im Befund aufgeführt

 

Molekulares Untersuchungen bei Lymphatische Neoplasien wie Chronisch lymphatische Leukämie (CLL), Lymphome, Haarzellleukämie, Morbus Waldenström erfolgen in Zusammenarbeit mit einem externen Labor.

ELN 2017:  http://www.bloodjournal.org/content/bloodjournal/129/4/424.full.pdf

WHO Zusammenfassung: http://www.bloodjournal.org/content/bloodjournal/127/20/2391.full.pdf

MRC: http://www.bloodjournal.org/content/bloodjournal/116/3/354.full.pdf 

EUTOS: https://www.nature.com/articles/leu2012104.pdf,  https://www.nature.com/articles/leu201529.pdf

 

  Verantwortlich für den Inhalt: Prof. Dr. K. Spiekermann, 24.05.2019
 

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